圣水寺南北长104米，东西宽96米，总面积约1万平方米，随山就势，依地形而置，主体建筑群在一个中轴线上，均坐北朝南。
圣水寺庙门面南，左右分列两个铁狮子，庙门为青砖所砌，呈六边形，脊为青瓦，门额上为砖刻，自东向西刻有“圣水寺”三个颜体楷书大字。
进门后，以中轴线作为划分，将该寺纵向划分为三个部分，分别是:中轴线区域，此区域为主体建筑群(由天元宫、钟鼓楼、明心楼、孔圣殿、碧云宫、六密亭、九楹殿等建筑组成);中轴线以东为东跨院(由敬香院构成，其中包括斋堂、寝室、客舍、流通处等砖木混合建筑19间);中轴线以西为西跨院(西跨院也叫灵台寺，这是一个寺中寺，共15间硬山式建筑)。
同时在中轴线上的三个主要建筑--天元宫、碧云宫、九楹殿又将中轴线横向分成了儒、道、释三个维度。
